《外證醫(yī)案匯編》共四卷，選輯了清代名家如陳學山、薛生白、繆宜亭、葉天士和徐靈胎等人的外證醫(yī)案凡七百余則，分為13部73門，間附余氏自己的洽驗案，并總結其病之成因、證之變化及內外方治之法，論其利弊，辨其異同。本次整理以光緒二十年（1894）蘇州綠蔭堂本為底本。

卷一
首部
腦疽
天疽銳毒
骨槽風
禿發(fā)瘡
項部
猛疽
夾喉癰
風痰
痄腮
燕窩瘡
失榮證
馬刀疬
瘰疬
時毒
面部
目瘍
耳瘍
鼻瘍

卷二
口部
唇瘍
齒瘍
舌瘍
咽喉
爛喉痧
疫癘喉痧

卷三
外部
流痰
背部
發(fā)背
蜂窩發(fā)
蓮子發(fā)
對心發(fā)
搭手
腎俞發(fā)
下背疽
丹毒發(fā)
肩并發(fā)
肩臂部
肩疽
樂疽
魚肚發(fā)
石榴疽
乳脅腋肋部
乳癰
乳巖
脅癰
腋癰
肋癰
腹部
小腹痛
腹皮癰
臍癰
臍漏
臍中出水
前后陰部
前陰
子癰
囊癰
肛漏
痔瘡
股腿脛足部
環(huán)跳
足膝
足指
腳氣

卷四
內部
內癰
肺癰
肺痿
胃癰
肝癰
腸癰
腎俞癰
肛癰
發(fā)無定處部
疔
瘡痍
膿窠
熱毒
風疹塊
紅瘰
白癜風
產后癰瘍
潰瘍
附徐大椿《瘍科論》
校注后記