序
第四版前言
版前言
致學生的信
致老師的信
第一章 生物信息學的概念及發(fā)展歷史
第一節(jié) 生物信息學的發(fā)展歷史
第二節(jié) 生物信息學的研究領域
第三節(jié) 生物信息學的主要應用
第四節(jié) 生物信息學面臨的挑戰(zhàn)
思考題
主要參考文獻
第二章 生物學數據庫及其檢索
第一節(jié) 生物學數據庫簡介
第二節(jié) 生物學數據庫的數據存儲格式
第三節(jié) 生物學數據庫的檢索
思考題
主要參考文獻
第三章 序列比對原理
第一節(jié) 序列比對相關概念
第二節(jié) 序列比對打分方法
第三節(jié) 序列比對算法
第四節(jié) 序列比對工具
第五節(jié) 多序列比對
思考題
主要參考文獻
第四章 蛋白質結構預測與分析
第一節(jié) 蛋白質結構組織層次
第二節(jié) 蛋白質結構的測定與理論預測
第三節(jié) 蛋白質對接
第四節(jié) 蛋白質折疊與疾病
思考題
主要參考文獻
第五章 基因組學
第一節(jié) 基因組學概述
第二節(jié) 蛋白質編碼基因的注釋
第三節(jié) RNA基因的注釋
第四節(jié) 重復序列的注釋
第五節(jié) 假基因的注釋
第六節(jié) 案例分析：黃瓜基因組的注釋
思考題
主要參考文獻
第六章 轉錄組學
第一節(jié) 轉錄組學概述
第二節(jié) 試驗設計和測序流程
第三節(jié) 轉錄組數據核心分析
第四節(jié) 功能分析
第五節(jié) RNA-seq數據分析案例
思考題
主要參考文獻
第七章 非編碼RNA
第一節(jié) 非編碼RNA概述
第二節(jié) 非編碼RNA的分類
第三節(jié) microRNA
第四節(jié) lncRNA
第五節(jié) circRNA
第六節(jié) 其他小分子RNA
思考題
主要參考文獻
第八章 蛋白質組學
第一節(jié) 蛋白質組學概述
第二節(jié) 蛋白質的大規(guī)模分離鑒定技術
第三節(jié) 蛋白質的翻譯后修飾
第四節(jié) 蛋白質分選
第五節(jié) 蛋白質相互作用
思考題
主要參考文獻
第九章 系統(tǒng)生物學
第一節(jié) 系統(tǒng)生物學基本概念
第二節(jié) 復雜網絡及特征
第三節(jié) 系統(tǒng)生物學基本技術與方法
第四節(jié) 基因表達調控網絡
第五節(jié) 代謝網絡
第六節(jié) 信號轉導途徑
第七節(jié) 蛋白質-蛋白質相互作用網絡
第八節(jié) 虛擬細胞
第九節(jié) 生物學網絡的構建、分析與可視化
思考題
主要參考文獻
第十章 合成生物學
第一節(jié) 合成生物學概述
第二節(jié) 合成生物學基礎研究經典實例
第三節(jié) 合成生物學應用研究經典實例
思考題
主要參考文獻
第十一章 分子進化與系統(tǒng)發(fā)育
第一節(jié) 分子進化與系統(tǒng)發(fā)育概述
第二節(jié) 分子系統(tǒng)發(fā)育樹的構建方法
第三節(jié) 系統(tǒng)發(fā)育樹構建及應用
思考題
主要參考文獻
第十二章 統(tǒng)計學習與推理
第一節(jié) 統(tǒng)計學習與推理基礎
第二節(jié) 統(tǒng)計模型與參數推斷
第三節(jié) 聚類分析、主成分分析與Fisher判別
第四節(jié) 貝葉斯推理
第五節(jié) 隱馬爾可夫模型
第六節(jié) 動態(tài)神經網絡
第七節(jié) 深度學習
第八節(jié) 支持向量機
第九節(jié) MATLAB的應用實例
思考題
主要參考文獻
第十三章 生物信息學編程基礎
第一節(jié) Linux操作系統(tǒng)
第二節(jié) 生物信息學中的編程語言
第三節(jié) SQL及數據庫編程
第四節(jié) 并行計算
思考題
主要參考文獻
第十四章 新一代測序技術及其應用
第一節(jié) 測序技術概述
第二節(jié) 第二代測序原理
第三節(jié) 第二代測序技術的應用
第四節(jié) 生物信息學在第二代測序中的應用
第五節(jié) 生物信息學新技術與發(fā)展趨勢
思考題
主要參考文獻
附錄
思政導讀
首批中國生物信息學終身成就獎得主簡介
基因組科學數據中心：整合中國組學資源，打破數據孤島