目錄
第一篇.蛋白質組信息學的基礎知識
第一章蛋白質組與信息學1
第一節(jié)蛋白質組和蛋白質組學1
第二節(jié)蛋白質組學研究的意義4
第三節(jié)如何研究蛋白質組學？5
第四節(jié)蛋白質組學應用實例8
第五節(jié)蛋白質的功能8
第六節(jié)蛋白質組中的信息學10
第七節(jié)人類蛋白質組學研究標準化計劃13
第八節(jié)蛋白質組學發(fā)展趨勢16
第二章蛋白質組學實驗方法和應用18
第一節(jié)蛋白質組學實驗方法18
第二節(jié)蛋白質組學定量分析方法23
第三節(jié)蛋白質組學應用28
第三章標準、本體與蛋白質組數(shù)據(jù)分析33
第一節(jié)本體的介紹33
第二節(jié)蛋白質相關本體介紹40
第三節(jié)本體與蛋白質組數(shù)據(jù)分析52
第四章蛋白質芯片58
第一節(jié)蛋白質芯片基礎58
第二節(jié)蛋白質芯片應用76
第二篇.蛋白質組的功能
第五章蛋白質亞細胞定位的信息學83
第一節(jié)蛋白質亞細胞定位及其生物學意義83
第二節(jié)蛋白質亞細胞定位的數(shù)據(jù)資源86
第三節(jié)蛋白質亞細胞定位預測的算法、工具和應用90
第四節(jié)蛋白質亞細胞定位信息學未來發(fā)展96
第六章分泌蛋白質和膜蛋白的信息學100
第一節(jié)分泌蛋白質概述100
第二節(jié)分泌蛋白質預測104
第三節(jié)信號肽剪切位點預測111
第四節(jié)分泌蛋白質數(shù)據(jù)庫112
第五節(jié)膜蛋白概述113
第六節(jié)跨膜螺旋拓撲預測115
第七節(jié)β桶狀跨膜蛋白拓撲預測120
第八節(jié)預測方法評價121
第九節(jié)膜蛋白數(shù)據(jù)庫123
第七章糖蛋白和糖修飾的生物信息學127
第一節(jié)蛋白糖基化127
第二節(jié)聚糖制備和分析方法129
第三節(jié)糖基化位點預測及鑒定140
第四節(jié)帶有聚糖完整糖肽分析141
第五節(jié)糖蛋白位點的分析145
第六節(jié)糖蛋白技術發(fā)展和未來趨勢147
第八章�；�化、甲基化和磷酸化等翻譯后修飾的信息學分析149
第一節(jié)蛋白質翻譯后修飾簡介149
第二節(jié)�；�化、甲基化和磷酸化等研究背景簡介149
第三節(jié)�；�化、甲基化和磷酸化等位點分析152
第四節(jié)酰基化、甲基化和磷酸化等位點預測157
第九章新型組蛋白賴氨酸修飾的信息學160
第一節(jié)新型組蛋白賴氨酸修飾簡介160
第二節(jié)琥珀�；�修飾164
第三節(jié)巴豆�；�修飾166
第四節(jié)丙二�；�修飾167
第五節(jié)戊二酰化修飾168
第六節(jié)其他新型賴氨酸修飾類型168
第七節(jié)新型組蛋白賴氨酸修飾的生物信息學方法169
第八節(jié)小結與展望176
第三篇　蛋白質相互作用和演化
第十章蛋白質相互作用的計算與分析177
第一節(jié)蛋白質相互作用的概念177
第二節(jié)蛋白質相互作用的鑒定178
第三節(jié)蛋白質互作網(wǎng)絡的構建與分析181
第四節(jié)蛋白質互作網(wǎng)絡的生物信息學應用187
第五節(jié)本章小結194
第十一章結構蛋白質組學：算法與模型195
第一節(jié)結構蛋白質組學介紹195
第二節(jié)結構蛋白質組學數(shù)據(jù)庫199
第三節(jié)基于高通量數(shù)據(jù)的蛋白質相互作用結構預測算法201
第四節(jié)蛋白質組的結構建模205
第五節(jié)蛋白質組的動力學模型210
第六節(jié)結語213
第十二章新基因起源與蛋白質組演化信息學214
第一節(jié)蛋白質多樣性的來源——新基因214
第二節(jié)蛋白質組功能演化和網(wǎng)絡演化220
第三節(jié)演化的選擇驅動力225
第四篇　蛋白質組學的應用
第十三章噬菌體展示技術及其在蛋白質組學中的應用232
第一節(jié)噬菌體及其對生物醫(yī)學領域的影響232
第二節(jié)噬菌體展示技術及其應用235
第三節(jié)噬菌體展示技術的蛋白質組學應用245
第四節(jié)噬菌體展示相關生物信息學研究255
第五節(jié)小結260
第十四章基于蛋白質組學的藥物設計261
第一節(jié)藥物發(fā)現(xiàn)261
第二節(jié)蛋白質組學與藥物發(fā)現(xiàn)261
第三節(jié)基于蛋白質組學數(shù)據(jù)的網(wǎng)絡藥理學266
第四節(jié)靶向蛋白質–蛋白質相互作用的藥物設計271
第五節(jié)靶向翻譯后修飾的藥物設計278
第六節(jié)小結282
第十五章固有無序蛋白質組信息學283
第一節(jié)固有無序蛋白質簡介283
第二節(jié)固有無序蛋白質的數(shù)據(jù)庫及預測軟件286
第三節(jié)固有無序蛋白質的功能預測292
第十六章蛋白質組大數(shù)據(jù)和深度學習304
第一節(jié)基于質譜的高通量蛋白質組學304
第二節(jié)蛋白質組大數(shù)據(jù)的產(chǎn)生304
第三節(jié)蛋白質組數(shù)據(jù)的格式306
第四節(jié)蛋白質組大數(shù)據(jù)的深度學習應用312
第五節(jié)小結316
第十七章蛋白質受體配體結構、功能與信息學318
第一節(jié)蛋白質受體配體簡介318
第二節(jié)蛋白質受體配體數(shù)據(jù)庫318
第三節(jié)蛋白質受體配體相互作用預測322
第四節(jié)蛋白質受體配體結構預測328參考文獻333